宮崎県では、口蹄疫からの再生・復興にあたり、「口蹄疫からの再生・復興方針」を決定した。これに基づく工程表では、今後、取り組む課題を整理し、その解決を支える取り組みを3年間のスケジュールとして示している。防疫体制の強化を最も重視し、家畜防疫員の増員、マニュアルの整備、水際対策の徹底等を図るとともに、経営再開の支援、家畜の飼養密度や埋却地の確保状況の地図化、畜産経営の多角化等の6次産業化、こころと身体のケア、地域振興対策・経済雇用対策などである。また、再生・復興のために県が基金を設置したファンド（総額76億円）は、畜産基盤の強化対策のほか、地域の農商工・観光推進、地域活性化イベン卜支援、口蹄疫復興に資する家畜防疫まで、畜産農家や産業界が安心して事業展開できる環境整備を目指すものである。さらに、「口蹄疫復興から新たな成長へ」新たなステージに移行していることを踏まえ、関係機関と連携を図りながら「畜産新生」の取り組みを進めている。